Trong thời gian sau năm 1945 đến khi qua đời, ông nhiều lần biểu lộ thái độ ủng hộ phong trào giành độc lập dân tộc của Việt Minh. Do ảnh hưởng của ông, các tín đồ Ban Chỉnh Đạo hầu hết đều bất hợp tác khi người Pháp tái chiếm Đồng Dương, thậm chí còn tham gia tích cực kháng chiến, đặc biệt là 2 người con trai của ông là Nguyễn Ngọc Bích và Nguyễn Ngọc Nhựt.

Thạc sĩ Lữ Văn Châu, một tín đồ Cao Đài Ban Chỉnh Đạo[3], từng phát biểu về ông như sau: "Nói chung, phần thế Đạo, Người đã lưu lại tiếng thơm nơi chốn quan trường và gia tộc. Ngày nay, các huyện Châu Thành, Cần Thơ, Hòn Chông, Cần Giuộc, Xuyên Mộc còn lưu lại nhiều huyền thọai rất tốt trong những năm tháng Người đảm nhiệm vai trò Chủ quận. Có thể nói Đức Giáo tông Nguyễn Ngọc Tương có cái nhìn rất sâu, rất xa về tương lai đất nước, dân tộc. Từ đầu thế kỷ XX, Người đã lập ra Hội buôn An Nam, Hội khuyến Văn… để nâng cao dân trí và tạo lập hạnh phúc cho dân sinh. Tuy gặp lúc nước mất chủ qưyền, làm quan thời vận nước suy vong, nhưng Người đã khơi mạch sống cho các con, dạy con biết sống vì đời, hiến dâng đời mình để giữ gìn độc lập, tự do xây dựng quê hương. Mặt thế Đạo của gia đình Nguyễn Ngọc Tương được người đời trân trọng.Nhà nước đang xem xét công nhận di tích lịch sử Quốc gia ngôi Tổ Miếu do các con Người dâng hiến cho Đạo. Công đức xã hội của Anh Cả theo thời gian được chứng minh là bậc hiền tài của đất nước."

Ghi nhận những đóng góp của ông, Nhà nước Việt Nam đã truy tặng ông Huân chương Kháng chiến. Cuộc đời ông đã được nhà văn Trầm Hương dựng lại thành tiểu thuyết "Đêm trắng của Đức Giáo tông".[4]

Ngôi nhà Nguyễn Từ Đường của ông nằm tại làng An Hội, tổng Bảo Hựu, tỉnh Bến Tre, hiện đang được Bảo tàng Bến Tre làm hồ sơ khoa học xin xếp hạng Nguyễn Từ đường là di tích cấp quốc gia về nơi sống và lớn lên, nơi lưu giữ nhiều kỉ vật của ông Nguyễn Ngọc Tương, và các con ông. Ngoài ra còn có 3 sắc phong, 12 chiếu chỉ, 245 quyển sách tiếng Pháp loại quý,...